프로젝트 진행 자체가
각 회사마다 나름대로의 문화와 방법론이 있기 때문에
범용으로 사용할만한 툴은 딱히 없는것 같구요..

각 조직에 맞게끔 만들어서 사용하시는게 좋을것 같습니다.

굳이 추천을 드리자면
wiki 기반의 배이스캠프나
www.Basecamphq.com
Alfresco(소스포지에 릴되어 있습니다.)를 한번 참고로 보세요